Nazwisko Shoemaker stało się znane każdemu, gdy w lipcu 1994 r. kometa Shoemaker-Levy 9 zderzyła się z Jowiszem. Dziewiątka wskazuje, że to dziewiąta kometa odkryta przez Carolyn i Eugena Shoemakerów i Davida Levy. Małżeństwo Shoemakerów było też odkrywcami wielu planetoid. Wielu astronomów uważało więc Eugene Shoemakera za znanego astronoma.
Tragiczna wieść o wypadku, który zdarzył się dziesięć lat temu, 18 lipca, na pustynnej drodze Terytorium Północnego w pobliżu granicy z Australią Zachodnią, pojawiła się w Internecie także na stronach poświęconych kometom. W czołowym zderzeniu samochodów na ostrym zakręcie drogi zginął Eugene Shoemaker jadący wraz z żoną do struktury uderzeniowej Goat Paddock. Jego żona Carolyn przeżyła wypadek.
Eugene M. Shoemaker był jednym z najwybitniejszych geologów. Sławę zawdzięcza badaniom struktur powstałych w wyniku uderzeń meteoroidów w Ziemię oraz badaniom Księżyca. Choć nie zajmował się badaniem samych meteorytów, był jednym z najbardziej znanych członków The Meteoritical Society.
Jednym z pierwszych dokonań Shoemakera było znalezienie niepodważalnych dowodów na meteorytowe pochodzenie słynnego Krateru Meteorytowego Barringera. W latach 50. przeprowadził bardzo szczegółowe badania tego krateru. W pobranych przez niego próbkach E.C.T. Chao wykrył coesyt — wysokociśnieniową odmianę kwarcu. W 1960 r. Shoemaker odwiedził basen Ries w południowych Niemczech, pobierając próbki, w których Chao znów stwierdził obecność coesytu. Obecność tego minerału stała się odtąd istotnym wskaźnikiem meteorytowego pochodzenia struktur, w których występował.
Doświadczenie zdobyte przy badaniu Krateru Meteorowego wykorzystał Shoemaker do badania kraterów księżycowych. W roku 1962 wraz z Hackmannem zaprezentował pierwszą geologiczną mapę Księżyca pokazując, jak z rozmieszczenia kraterów i struktur wokół nich można odczytać geologiczną historię naszego satelity. W tym czasie był już dyrektorem utworzonego przez siebie Wydziału Astrogeologii w Instytucie Geologicznym USA.
Shoemaker uczestniczył od początku w programie badań Księżyca: najpierw analizując zdjęcia zrobione przez sondy Ranger, a następnie obrazy przekazywane przez lądowniki Surveyor w latach 1963–1968. Jego marzeniem było prowadzenie osobiście badań geologicznych na Księżycu. Niestety, nie pozwoliło mu na to zdrowie. Kierował więc z Ziemi badaniami geologicznymi Księżyca podczas pierwszych wypraw Apollo.
Po przejściu na emeryturę w 1993 r. Shoemaker związał się z Obserwatorium Lowella we Flagstaff, w stanie Arizona (niedaleko słynnego krateru), gdzie rozwinął wraz z żoną program poszukiwania przelatujących blisko Ziemi planetoid i komet. Nie zrezygnował jednak z badań struktur po uderzeniach wielkich meteorytów. Zginął mając 69 lat.
Fragment listu Carolyn Shoemaker ze szpitala w Alice Springs:
Chociaż śmierć Gene'a jest wciąż dla mnie szokiem i wielką stratą dla nas wszystkich, Gene uważałby, że był to właściwy sposób odejścia. Opuścił nas robiąc coś, co bardzo lubił, z dala od wszelkich problemów tego świata, w kraju, który umiłował, mając u boku kobietę, która była jego życiową partnerką przez 46 lat i zmarł szybko. Rozmawialiśmy oboje o tym, że gdyby nasze życie miało już się zakończyć, to żyliśmy pełnią życia. Mieliśmy wspaniałe dzieci i blisko związaną ze sobą rodzinę. Nasze kariery naukowe przyniosły nam mnóstwo satysfakcji. Mieliśmy licznych przyjaciół w ciągu całego życia. A przede wszystkim byliśmy małżeństwem, w którym nasza wzajemna miłość nie znała granic.
Jego niespełnionym marzeniem był lot na Księżyc…
7 stycznia 1998 r. z przylądka Canaveral na Florydzie wystartował statek kosmiczny Lunar Prospector, unosząc na pokładzie poliwęglanową kapsułę-urnę o długości 1 i 3/4 cala z prochami Eugena M. Shoemakera. Misja, której celem było poszukiwanie wody na Księżycu, zakończyła się półtora roku później efektownym rozbiciem pojazdu na dnie jednego z zacienionych kraterów w pobliżu bieguna południowego, gdzie spodziewano się zalegania wodnego lodu. Kapsułę spowijał pierścień mosiężnej folii z wyrytymi rysunkiami komety Hale'a-Boppa i Krateru Meteorowego w Arizonie oraz fragmentem dramatu „Romeo i Julia” Williama Szekspira:
And, when he shall die,
Take him and cut him out in little
stars,
And he will make the face of he-
aven so fine
That all the world will be in love
with night,
And pay no worship to the garish
sun.1